Hace veinte años surgió el Centro Fray Julián Garcés como un brote en la tierra que, por tanto, no fue creado en ese momento, sino que germinó tiempo atrás. Los orígenes están en la Pastoral Social de la Diócesis de Tlaxcala, donde grupos comunitarios se cuestionaban lo que ocurría en el entorno, analizaban las problemáticas e injusticias que enfrentaban, y reflexionaban cómo podrían resolverlos.
El análisis de la realidad dio cuenta de problemas graves que en ese momento se identificaban como contaminación en el río, prostitución, discriminación, violencia, y que, posteriormente, se entendieron como claras violaciones a derechos humanos entre ellas la trata de mujeres y niñas con fines de explotación sexual, y la devastación socioambiental.
